Personalmente nunca lo he experimentado, pero conozco mucha gente que por problemas en el booteo del OS de Microsoft tuvo que formatear irremediablemente.
Al ser uno de los sistemas operativos más comunes ( por no decir, el más común) es el objetivo número uno de los virus. Y, en contra partida, los antivirus, anti-spyware, etc. también abundan.
Hoy la herramienta en cuestión es Microsoft Standalone System Sweeper (no existía un nombre más largo eh? 
).
Como se aprecia en la imagen, hay tres formar para prepararlo:
- Quemarlo sobre un CD o DVD vacío
- Usar un pen drive que no tenga protección con contraseña
- Hacer un .ISO, un poco más avanzado.
Personalmente recomiendo usar la memoria USB ya que si se corre el programa sobre una versión ya existente, se actualizan las base de datos de los virus y spywares.
Vía: HiperSimple